【2025年最新】病院薬剤師の平均年収・手取り・中央値は？職種別年収と給与アップ方法

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2025年8月3日

「病院薬剤師の年収はどれくらい？」と考えていませんか。

結論から言うと、病院薬剤師の平均年収は569万円です。

実は病院薬剤師の年収は、調剤薬局やドラッグストアなどと比べるとやや低い傾向にあります。

キャリアアップなどを目的に病院に転職する方も多いですが、給与がその際は給与がガクンと下がってしまわないか、しっかり確認しておく必要があります。

この記事では、転職コンサルタントとして数多くの薬剤師転職をアドバイスしてきた私が、病院薬剤師の年収について公的機関の調査データなどを用いながら解説していきます。

病院薬剤師の平均年収は569万円
病院の開設主体ごとの年収差
病院薬剤師の年収は低い？他の職場と比較
病院薬剤師の年収を役職別で比較
病院薬剤師で高年収を狙う方法
病院薬剤師に転職したい方におすすめの転職サイト
病院薬剤師の年収に関するよくある質問

この記事を読めば、病院薬剤師の年収相場が分かります。

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1. 病院薬剤師のリアルな年収事情｜平均・手取り・中央値を徹底解説【2025年最新】

病院薬剤師の年収について、表面的な平均額だけでなく「実際の手取りはいくら？」「生涯で見るとどれくらい稼げるの？」といった、誰もが気になるリアルな実態を、最新の公的データを基に徹底解説します。

病院薬剤師の平均年収は569万円｜最新の公的データで見る実態

厚生労働省が実施した最新の「第24回医療経済実態調査（令和5年）」によると、一般病院に勤務する薬剤師の平均年収は568万8,862円です。

これは薬剤師全体の平均年収と比較しても遜色のない水準です。

さらに、過去8年間の年収推移を見てみると、一時的な落ち込みはあったものの、直近では明確な上昇傾向にあることがわかります。

年度 平均年収
平成27年度 566万円
平成28年度 566万円
平成29年度 557万円
平成30年度 559万円
令和元年度 556万円
令和2年度 550万円
令和3年度 563万円
令和4年度 569万円
（厚生労働省「第24回医療経済実態調査（医療機関等調査）」を参考にLiPro編集部が表・グラフを作成）

ただし、この金額はあくまで「額面」であり、実際に手元に残る金額とは異なる点に注意が必要です。

【手取り額シミュレーション】年収569万円の場合、実際に使えるお金は？

年収から社会保険料（健康保険、厚生年金など）や税金（所得税、住民税）が差し引かれた金額が、実際に受け取れる「手取り額」です。

一般的に、控除額は額面年収の20%～25%程度とされています。これを基に計算すると、病院薬剤師の手取り額の目安は以下のようになります。

手取り年収：約427万円～ 455万円

月額手取り：約35万円～ 38万円

もちろん、この金額は扶養家族の有無や個人の状況によって変動しますが、自身の生活をイメージする上での一つの基準となるでしょう。

生涯年収の中央値は2.3億円！より実態に近い数値で見るキャリア

平均年収は一部の高所得者の影響を受けやすいですが、より実態に近い数値を知るためには「中央値」が重要な指標となります。

厚生労働省の調査によると、病院薬剤師が65歳まで常勤で勤務した場合の生涯年収の中央値は、2億3,280万円と報告されています。

これは、薬剤師として長期的なキャリアプランを考える上で、非常に参考になる数値です。

初任給は他の業種に比べて低い傾向にありますが、安定して勤務を続けることで、着実に資産を形成していくことが可能な職業であると言えます。

2. どこで働くかで年収は変わる？病院の開設主体別のリアルな給与・年収差

病院薬剤師の年収は、全ての病院で一律というわけではありません。実は、病院を運営している「開設主体」によって、給与水準は大きく異なります。

厚生労働省の最新調査によると、国立病院や公立病院と、一般的な医療法人（民間病院）では、年収に100万円近い差が生まれることもあります。

自身のキャリアプランを考える上で非常に重要なこの「開設主体別の年収差」について、具体的なデータを見ていきましょう。

国立・公立は高く、医療法人は低めの傾向

以下は、厚生労働省が発表した、一般病院に勤務する薬剤師の開設主体別の2025年最新の平均年収データです。

開設主体 平均年収
個人立病院 656万6,931円
国立病院 626万5,471円
公的病院 605万5,003円
公立病院 595万4,927円
社会保険関係法人 594万9,629円
その他 555万2,294円
医療法人 528万6,282円
（厚生労働省「第24回医療経済実態調査（医療機関等調査）」を参考にLiPro編集部が表・グラフを作成）

【グループ別】なぜ給与体系にこれほどの差が生まれるのか？

グラフからわかるように、国立・公立・公的病院のグループは安定して高い水準にあり、医療法人が相対的に低い傾向にあります。

この差が生まれる主な理由は、給与の決まり方や手当、昇給制度が根本的に異なるためです。ここでは、特に違いが大きい「国公立・公的病院」グループと「医療法人（民間病院）」の実際の募集要項を比較しながら、その特徴を詳しく見ていきましょう。

安定と昇給が魅力の「国公立・公的病院」グループ

国立病院、公立病院、公的病院などは、公務員またはそれに準じた給与体系が適用されることが多く、「安定性」と「明確な昇給制度」が最大の魅力です。

実際に、独立行政法人国立病院機構の募集要項を見てみると、その特徴が明確に見て取れます。

引用：独立行政法人国立病院機構近畿グループ採用情報「メディカルスタッフ給与・勤務時間・福利厚生」（2025年7月時点）

明確な給与規定：基本給は学歴に応じて定められており（例：6年卒 222,700円程度）、経験年数に応じた昇給が見込めます。
手厚い諸手当：住居手当（最大月27,000円）や通勤手当（最大月55,000円）、さらには勤務地に応じた地域手当（例：大阪市は基本給の16%）など、福利厚生が非常に充実しています。
安定した賞与：業績手当（ボーナス）として「年間基本給等の4.20月分」のように、支給基準が明確で安定しています。
保証された定期昇給：「年1回」の昇給が規定されており、勤続年数に応じて着実に年収が上がっていくキャリアパスを描きやすいのが大きな特徴です。

多様性と柔軟性が特徴の「医療法人（民間病院）」

日本の病院の大多数を占める医療法人の年収は、その法人の経営方針や規模、地域によって大きく変動します。国公立のような一律の規定はなく、給与体系は病院ごとに様々です。

例えば、ある民間病院の募集要項では、給与が「年収：430～620万円」と大きな幅を持って提示されています。

引用：藤枝平成記念病院「募集要項｜薬剤師　常勤」（2025年7月時点）

これは、経験や能力によって給与が大きく変動することを意味しており、スキル次第では高い給与を得られる可能性がある一方、昇給が保証されていない場合もあります。

また、別の法人の例を見ると、賞与が「計3.15ヶ月分支給（2022年度実績）」と過去の実績ベースで記載されていたり、賞与がなく年俸制を採用しているケースもあります。

引用：医療法人昨雲会「薬剤師の募集」（2025年7月時点）

引用：竹田健康財団　採用情報（2025年7月時点）

このように、医療法人の場合は「昇給・賞与は業績次第」「手当は法人独自の規定」といった特徴があり、安定性よりも個々の病院の経営状況や個人のスキルが年収に直結しやすい環境であると言えます。

3. 病院薬剤師の年収は低い？他の職場とのリアルな差を徹底比較

ここまでは病院薬剤師の年収の「絶対額」や「内部での差」について見てきました。

この章では、視点を広げて「薬剤師全体」や「他の業種」と比較することで、病院薬剤師の年収の立ち位置をより客観的に把握していきましょう。

【結論】年収は「製薬企業 > ドラッグストア > 調剤薬局 > 病院」の順

まず結論から言うと、年収水準で比較した場合、病院薬剤師は他の職場よりも低い傾向にあります。

弊社が薬剤師71名を対象に実施したアンケート調査によると、職場ごとの年収の目安は以下のようになっており、病院は他の業種に比べて年収の上限・下限ともに低い水準にあります。

職場 年収の目安
製薬企業 500～1200万円
ドラッグストア 450～700万円
調剤薬局 450～650万円
病院 350～600万円
出典：弊社独自アンケート調査 n=71

このように、短期的な年収だけを見ると病院は見劣りするかもしれませんが、キャリア全体で見た場合はどうでしょうか？次のセクションから、公的データを用いて、より深く比較していきます。

【vs 薬局】初任給は低いが、生涯年収では逆転も視野に

キャリアを考える上で最も比較対象となるのが「薬局」です。最新の公的データで比較すると、非常に興味深い事実が見えてきます。

キャリア序盤：初任給の差は大きい

まず、キャリアのスタート地点である「初任給」の段階では、明確な差が存在します。

病院薬剤師の初任給（平均）：372.7万円
薬局薬剤師の初任給（平均）：415.3万円
出典：厚生労働省「薬剤師確保のための調査・検討事業」報告書

データが示す通り、新卒時点での年収は、薬局薬剤師の方が年間で約40万円以上高く、キャリア初期の収入を重視する方にとっては大きな違いと言えるでしょう。

キャリア全体：生涯年収の差はわずか

しかし、65歳まで常勤で勤務した場合の生涯年収（中央値）では、その差は驚くほど縮まります。

病院薬剤師の生涯年収（中央値）：2億3,280万円

薬局薬剤師の生涯年-収（中央値）：2億3,792万円

職種 生涯年収
病院薬剤師（常勤） 2億3,280万円
薬局薬剤師 2億2,768万円
差額 512万円
出典：厚生労働省「薬剤師の偏在への対応策」

その差額は512万円。40年以上のキャリアで割ると、1年あたり約12万円、1月あたり約1万円の差に過ぎません。

【グラフ】ここで、初任給の大きな差と、生涯年収のわずかな差を並べて示すインフォグラフィックを挿入すると、読者はそのギャップを直感的に理解できます。

この背景には、それぞれのキャリアパスの特性があります。

病院薬剤師：初任給は低いものの、国公立病院などの安定した定期昇給制度や、主任・薬剤部長といった役職への昇進により、勤続年数に応じて着実に年収が上昇していきます。退職金制度が手厚い場合も多く、生涯にわたる安定性が強みです。

薬局薬剤師：初任給の高さが魅力ですが、その後の昇給カーブは病院ほど急ではない場合もあります。一方で、管理薬剤師へのキャリアアップや、好条件の職場への転職によって、大きく年収を上げることも可能です。

つまり、「キャリア初期の収入を重視するなら薬局」「長期的な安定とキャリア形成を重視するなら病院」という、それぞれのメリットが見えてきます。

【vs ドラッグストア・製薬企業】高年収を目指す選択肢

一方で、より高い年収をスピーディーに目指したい場合、ドラッグストアや製薬企業が有力な選択肢となります。

ドラッグストア：人材獲得競争が激しく、好待遇で薬剤師を採用する傾向にあります。店長やエリアマネージャーなどの役職に就くことで、さらなる年収アップが期待できます。

製薬企業：MR（医薬情報担当者）や研究開発職など、専門性の高い職種では年収1000万円を超えることも珍しくありません。薬剤師資格が活かせる最高年収レベルの職場と言えるでしょう。

【体験談】なぜ病院薬剤師は「給料が低い」と不満を感じやすいのか？

年収データだけでは見えないのが、現場の「体感」です。

生涯年収では大きな差がなくとも、なぜ病院薬剤師は給与への不満を感じやすいのでしょうか。弊社が実施したアンケートでは、以下のようなリアルな声が寄せられています。

病院勤務（30-34歳）

給料への不満が強い。その割には、やらなければいけない仕事が次々にくるために終わりが見えないことが多い。

2021/4/25

病院勤務（30-34歳）

残業が多い割に賃金が少なかったため、転職を決意しました。また、自分の時間がなかなか取ることが難しかったので労働環境を改善したいと思ったからです。

2021/4/1

これらの声から、「業務の負荷や責任の重さ」と「給与」のバランスに不満を感じている薬剤師が多いことがうかがえます。単純な金額だけでなく、この「納得感」も、職場を選ぶ上で非常に重要な指標と言えるでしょう。

4. 病院薬剤師の年収を役職別で比較

病院薬剤師は経験年数が上がると、薬剤主任や薬剤部長などの役職を務めるようになります。

参考：国立病院機構

こちらでは、役職ごとにどれくらい年収が上がっていくのかご説明します。

4-1. 薬剤主任の年収

薬剤主任の年収は400-500万円です。

参考：薬キャリに掲載された求人を抜粋して掲載

薬剤主任の業務内容は通常の病院薬剤師と大きく変わらず、経験年数が10年未満の薬剤師でも務められるため、年収もあまり高くありません。

4-2. 薬剤部長の年収

病院の薬剤部のトップである薬剤部長の年収は、600-700万円です。

参考：薬キャリに掲載された求人を抜粋して掲載

薬剤部をまとめる薬剤部長になると、平均年収が700万円を狙えるようになります。

薬剤部長は調剤業務の他にも、価格調整やジェネリック薬品の導入、薬剤師の管理など様々な業務を行います。

薬剤師として20年~30年以上の経験がある場合が多いです。

5. 病院薬剤師で高年収を狙う方法

年収が低めと言われる病院薬剤師ですが、いくつかのコツをおさえると高年収を狙うことができます。

5-1. 専門資格を取得して転職する

専門性の高い資格を持っている薬剤師は、希少価値が生まれ転職しやすく、また資格手当がもらえるため年収が高くなります。

実際に、資格手当を支給している病院は多いです。

参考：薬キャリに掲載された求人を抜粋して掲載

複数の専門スキルを持っているとさらに需要が高まり、年収が高くなるでしょう。

例えば、分野ごとにこのような専門資格があります。

在宅医療分野→在宅療養支援認定薬剤師
がん医療分野→がん薬物療法認定薬剤師・外来がん治療認定薬剤師
救急医療→救急認定薬剤師

資格を取得するには、仕事外での勉強など努力が必要となりますが、希望分野の専門資格を取得していることは自身の強みとなります。

5-2. 国立病院に就職する

定期昇給制度があり、病院形態では最も高い平均年収である国立病院に就職するのもおすすめです。

国立病院は、地域ごとにまとめて採用試験を行い、病院の欠員状況に応じて配属される病院が決まります。

地域により、適正審査や面接など選考方法は異なります。

国立病院は人気の就職先であるため、資格や経験を強みに就職する必要があります。

【補足】転職サイトを利用するのもおすすめ

病院薬剤師で高年収を狙いたい方は転職サイトを利用するのもおすすめです。

転職サイトでは、転職する意思が強い方のみに募集をする非公開求人があり、公開求人よりも良い待遇の職場を見つけることができます。

また、年収の高い職場は倍率も高くなりやすいですが担当者が、志望理由書の添削や面接の練習など無料でサポートしてくれるので、転職活動をスムーズに進めることができます。

おすすめの転職サイトについて次章で詳しくご紹介します。

6. 病院薬剤師に転職したい方におすすめの転職サイト

この章では、病院薬剤師に転職したい方におすすめの転職サイトをご紹介します。

数ある転職サイトの中から、以下を基準に、「利用者からの満足度の高い薬剤師向け転職サイト」をピックアップしました。

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3位. マイナビ薬剤師	約54,000件｜○3.8 マイナビグループのネットワークを活かした圧倒的な求人数が魅力の転職サイト。地方在住の方もおすすめ